Je suis prestataire et donc j'ai aussi un autre "rôle" d'adhérent gratuit. Ai-je deux comptes e-doumes différents ?

Oui, ne les confondez pas et "changez de rôle" chaque fois qu'il le faut ! La règle est :
Je paye avec mon compte prestataire mes fournitures ou services professionnels ; mon salaire je le vire de mon compte "prestataire" à mon compte "adhérent".